Я служу в ПВ по ЧР. Устроился в июле 2011(первый контракт). На данный момент учусть в государственном университете на 3 курсе, мне отказывают в учебном отпуске, мотивируя тем , что я должен прослужить 3 года, только потом учиться. Законно ли это?

Незаконно. Так как п.2, ст.19 Закона о статусе военнослужащих всего лишь предоставляет Вам право после первых трех лет службы по контракту поступать в указанные в статье учебные заведения ВНЕ КОНКУРСА!
Это просто льгота на ВНЕКОНКУРСНОЕ ПОСТУПЛЕНИЕ и последующее обучение только после 3-х лет службы, но никак не запрет на учебу в ВУЗе вообще, если Вы в нём уже учитесь на момент заключения контракта!
Закон никак не запрещает поступать в эти заведения раньше и по конкурсу, обучаясь на тех же условиях, что и прочие граждане РФ!
Что Вы и делаете сейчас.
А насчет проблем, связанных с учебой, Вашим командирам следовало бы подумать до того, как они со студентом заключили контракт. Раз заключили - чинить препятствия в осуществлении права на образование - не вправе.

Всё остальное сказано в теме, которую Вы не нашли - http://voennoepravo.ru/phpbb/viewtopic.php?t=17314

_________________
Cogito, ergo sum ....